فلسفى در حوزه‌هاى علميه شد . سيطرهء علمى و تفوق حكمى اسفار از زمان ملا على نورى يعنى از اواخر قرن دوازدهم نزديك دو قرن و نيم است ادامه دارد . يك دورهء كامل تدريس اسفار حدود پانزده سال در حوزه‌هاى علميه به طول مىانجامد . اسفار بتدريج از اوائل قرن سيزدهم مدار تحقيقات علمى و پژوهشهاى فلسفى حكيمان متعاليه شد . تدقيقات فلاسفه به شكل حواشى و تعليقات كوتاه و بلند براساس اين كتاب مهمّ به رشتهء تحرير درآمده است . مهمترين حواشى و تعليقات اسفار كه از آغاز تا پايان دههء اول قرن چهاردهم نوشته شده است به ترتيب نسبى زمان نگارش عبارتند از : 1 - حواشى آقا محمد بيدآبادى ( متوفى 1197 ) اين حواشى مختصر نخستين حواشى شناخته شدهء اسفار است . آقا على مدرس در چندين موضع از تعليقاتش بر اسفار در ضمن نقل حواشى ملا على نورى به حواشى مرحوم بيدآبادى اشاره كرده و از او با تعابير « قدوة الحكماء البارعين السالكين » و « الوحيد الفريد » ياد كرده است . اين حواشى هنوز منتشر نشده است . 2 - حواشى ملا على نورى ( متوفى 1246 ) اين حواشى مختصر همراه با نخستين چاپ حروفى اسفار در تهران منتشر شده است . آقا على مدرس در تعليقاتش بر اسفار به حواشى ملا على نورى استناد كرده و از او با تعابير « استاد اساتيدنا العظام و شيخ مشايخنا الفخام » و « الحكيم المحقّق المدقق المتالّه البارع » و « قدوة المتألهين و رأس الحكماء الالهيين سمّى امام الموحدين المحقق النورى قدّس سرّه » ياد كرده است . 3 - حواشى ملا محمد اسماعيل بن سميع درب كوشكى واحد العين اصفهانى ( متوفى حدود 1243 ) بخشى از اين تعليقات ارزشمند همراه با نخستين چاپ حروفى اسفار در تهران منتشر شده است . آقا على مدرس در تعليقاتش بر اسفار همچون تعليقاتش بر شوارق به حواشى ملا اسماعيل نظر انتقادى دارد . 4 - حواشى ملا احمد بن محمد ابراهيم اردكانى شاگرد ملا مصطفى قمشه‌اى ( مصطفى الحكماء ) . نسخه خطى اين حواشى در كتابخانهء ملك تهران نگهدارى مىشود . آقا على مدرس بر اين حواشى مفصل تعليقه زده و آراء ملا احمد را به عنوان « الفاضل المحشّى » و « المحقق المحشى » مورد نقد قرار داده است . حواشى ملا احمد تاكنون منتشر نشده است .